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oligo反相离子对的表征与纯化

2019年新冠病毒的确诊包含rt-pcr法、ct影像、基因测序等方法,其中rt-pcr核酸检测体系中所用引物与探针均为寡聚核苷酸(oligo)。那么oligo的研发生产过程中,其表征与纯化对于色谱柱的要求是怎样呢? 

反相作为lc上分辨率较高且常使用的模式,而oligo因为磷酸二酯链、核糖/脱氧核糖以及极性碱基的存在,使其在反相色谱柱上保留非常弱,故需在流动相中添加弱离子对试剂-烷基胺如tea、diea。此外,也会添加hfip改善峰形。 

相比传统硅胶色谱柱,phenomenex推出的杂化基质硅胶色谱柱clarity oligo-xt和clarity oligo-rp更耐受这样苛刻的溶剂环境,对oligo也具有更佳的选择性。oligo-xt采用了核壳技术,更大程度提高分辨率;oligo-rp则采用全多孔杂化硅胶,可实现oligo的高载样量,专为纯化而设计。

桥接寡核苷酸的分析示例

2020-02-27 10_29_04-window.png

column: clarity 2.6μm oligo-xt

dimensions: 50x2.1mm

mobile phase:

a:50mm hfip & 5mm diea in water

b:50mm hfip & 5mm diea in acetonitrile

flow rate: 0.3ml/min

gradient: 5-20%b in 15 min to 95%wash for 5 min

temperature: 60°

detection: uv/vis 260 nm

sample:bridged nucleic acid 5'-ta/bna-a/ta/bna-mec/gt/bna-t/ta/bna-t/ac/bna-g/cc/bna-c/a-3'


寡核苷酸的纯化示例

2020-02-27 10_41_41-window.png

column: clarity 3μm oligo-rp c18

dimensions: 50x10mm

mobile phase:

a:50mm teaa ph 7.5

b:methanol

flow rate: 5ml/min

gradient: 10-45%b in 30minutes

detection:uv/vis 260 nm

sample:39mer & 40mer dna

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